Le nom Morcote est dérivé du terme de protolatine MORA qui indique une zone pierreuse et CAPUT qui signifie tête ou extrémité. MORAE CAPUT signifie donc fin de la montagne ou du rocher, pointe de la péninsule. Dans un document de 926, le nom de l'habitant de Morcote apparaît pour la première fois : HABITATEUR À MURCAU. À l'époque de la plus grande splendeur de l'ancien village de Morcò, la colonie avait la forme d'un amphithéâtre et s'étendait de Vico Morcote à Porto Ceresio, alors appelé Porto Morcote. Si l'on en croit les chroniques papales, la famille du martyr Aniceto, qui fut pape de 157 à 168, était originaire de Vico Morcote. Il n'est donc pas exclu que l'histoire de Morcote soit plus ancienne. Jusqu'en 1847, année de la construction du barrage de Melide, Morcote était un site commercial florissant et les échanges de marchandises y étaient intenses, étant également le plus grand port du Ceresio. De grandes barges et des radeaux faisaient la navette entre Morcote et Porto Morcote pour transporter des passagers et des marchandises, ce qui était en fait le moyen le plus rapide d'atteindre Varèse, Côme et Milan. En 1412, les Morcotesi obtiennent des ducs de Milan des statuts exceptionnels, des privilèges et le blason. Pour les 2000 habitants du village, cela signifiait l'autonomie et donc le pouvoir de proclamer la république populaire pour administrer le bien public. Un petit parlement a élu le podestà, deux consuls, douze juges et le capitaine. Les Morcotesi avaient également leur propre jurisprudence et le bourreau exécutait les sentences de mort près de la chapelle du bourreau, à la sortie du village en direction de Figino. Outre les droits de pêche dans le golfe de Porto Morcote, dans la Buse près de Brusino jusqu'à la Forca di San Martino près de Paradiso, les privilèges accordés ont également conféré des droits de marché, tels que la vente de poisson à Milan et l'exemption de péage. Les années qui ont suivi la peste ont coïncidé avec le début de l'histoire des plus célèbres Morcotensiens et de leurs familles. Ingénieurs, architectes, peintres, sculpteurs, plâtriers, ciseleurs, médecins, scientifiques, écrivains et artisans ont contribué à la création de la culture occidentale dans de nombreux pays européens. Le village est inscrit à l’ISOS et a été sélectionné par Suisse Tourisme pour faire partie du projet « La Magie des beaux sites ».

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