Assalita nel 260 e 354 dagli Allemanni che la distrussero, la città non si riprese più. Dal sec. IV al VI fu sede vescovile, ma il trasferimento del vescovo a Losanna nel 594 le tolse quel poco di importanza rimasto. L'agglomerato urbano occupava una parte minima del tracciato romano; la collina fu fortificata nel 1089. Nel 1536 Avenches passò ai Bernesi e fu residenza dei balivi. Dalla fine del Medioevo l’area romana fu trasformata in cava di materiale da costruzione, che fu la causa principale della quasi totale scomparsa dei suoi monumenti. Dopo il 1885 scavi sistematici, e adozione di misure per la conservazione del sito archeologico. Della cinta muraria, che era interrotta da quattro porte e fortificata da 75 torri semicircolari, sussistono oggi tracce grazie alle quali è stato possibile ricostruire la porta Est, parte delle mura e una delle torri, la Toroallaz. Nella città bassa i resti delle terme, campidoglio, teatro e tempio della cicogna, perché sulla colonna di 12 m, in passato le cicogne costruivano il nido. All'ingresso della città medioevale l'anfiteatro, il teatro romano meglio conservato di tutta la Svizzera; poteva ospitare da 10’000 a 12’000 spettatori. Del Medioevo conserva un tratto delle mura fortificate con due torri del sec. XIV: la Benneville a S e la Vuilly a NO. All'estremità dell'anfiteatro torre fortificata del sec. XI, si suppone facesse parte delle prime fortificazioni: museo romano. Nell’angolo NE del borgo medioevale sorge il castello, già Vescovado. Fu trasformato e ampliato nel sec. XVI dai balivi bernesi. La facciata in stile rinascimentale del 1565 è dell'architetto di Neuchâtel, Antoine Ballanche; l'ala N dell'edificio data del sec. XVIII. Nella Grand-Rue, la chiesa evang. (S. Maria Maddalena) della fine del sec. XI, ampliata gotica e trasformata nel 1709-11. Integrati nella facciata S sono due frammenti di trabeazioni romane usate come panchine; a N abside romana circolare. Di fronte alla chiesa il municipio, costruito nel 1753 da N. Hebler. È di tre piani su portici, caratteristico per la facciata conclusa da frontone triangolare scolpito con le figure di due mori che reggono lo stemma della città. Nella stessa strada l’albergo della Corona e altre case interessanti. In rue du Jura al n. 3, la torre di Montauban, poligonale con scala interna è ciò che rimane di una casa signorile quattrocentesca. In rue des Alpes in nn. 3 e 5 case datate dalla fine del Gotico.

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